kogu inim- genoomi Kahe X-kromosoomi ja naissoost koest saadud rakuliini autosoomide järjestus on lõpule viidud. See hõlmab 8 protsenti genoomi jada, mis 2001. aastal välja antud algses mustandis puudus.
kogu inim- genoomi Telomere-to-Telomere (T3.055T) konsortsium on paljastanud kogu 2 miljardi aluspaari järjestuse. See on suurim paranemine inim- viide genoomi avaldasid 2001. aastal Celera Genomics ja International Inimene Geenivaramu Järjestuskonsortsium. See genoomi järjestus kattis enamiku eukromaatilised piirkonnad, jättes välja heterokromatiini piirkonnad või eksliku esituse. Need piirkonnad moodustavad 8 protsenti inim- genoomi mis lõpuks selgus. Uus T2T-CHM13 viide1 sisaldab täielikku järjestust kõigi 22 autosoomi ja kromosoomi X jaoks. See uus võrdlusjärjestus on parandanud ka arvukalt vigu ja on lisanud ligikaudu 200 miljonit aluspaari uudseid järjestusi, mis sisaldavad 2,226 geenikoopiat, millest 115 ennustatakse valku kodeerivat.
Praegune GRCh38.p13 võrdlusgenoom on 2013. aasta Celera genoomijärjestuse kahe olulise uuenduse tulemus, millest üks tehti 2019. aastal ja teine 2001. aastal. Siiski oli sellel endiselt 151 miljonit aluspaari tundmatut järjestust, mis olid jaotatud kogu maailmas genoomi, sealhulgas peritsentromeersed ja subtelomeersed piirkonnad, dubleerimised, geeni- ja ribosomaalse DNA (rDNA) massiivid, mis kõik on vajalikud raku põhiprotsesside jaoks. Uut viidet nimetatakse T2T-CHM13-ks, kuna see pärineb CHM13 (Complete Hydatiform Mole) rakuliini DNA sekveneerimisest ja seda teostab T2T konsortsium. Rakuliin pärineb ebanormaalsest viljastatud munarakust või platsenta kudede liigsest kasvust, mille puhul naised näivad olevat rasedad (valerasedus), seega esindab järjestus ainult kahte naise X-kromosoomi ja autosoome. Kasutatud on mitut järjestustehnoloogiat, nagu PacBio, Oxford Nanopore, 100X ja 70X Illumina sekveneerijad, et nimetada vaid mõnda. Järjestuse tehnoloogiline areng on viinud ülejäänud 8% järjestamiseni, nagu eespool mainitud.
T2T-CHM13 järjestuse ainsaks piiranguks on Y-kromosoomi puudumine. See sekveneerimine on praegu käimas, kasutades DNA-d HG002 rakuliinist, millel on 46 (23 paari) XY kariotüübiga. Seejärel pannakse järjestus kokku, kasutades samu meetodeid, mis on välja töötatud homosügootse CHM13 genoomi jaoks.
T2T-CHM13 kättesaadavus uue viitena genoomi kujutab endast suurt läbimurret, mis aitab mõista heterokromatiini piirkondade rolli ja aitab mõista selle mõju rakuprotsessidele üksikasjalikumalt. Kuni Y-kromosoomi sekveneerimise lõpetamiseni on see võrdlusgenoom tulevastes uuringutes raku protsesside ja funktsioonide mõistmisel.
***
Tehtud tööd
- Nurk S, Koren S, Rhie A, Rautiainen M, Bzikadze AV, Mikheenko A jt. Täielik jada a inim- genoom bioRxiv 2021.05.26.445798; DOI: https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
***
