SARS-CoV-2: kui tõsine on B.1.1.529 variant, nüüd nimega Omicron

B.1.1.529 variandist teatati esmakordselt WHO-le Lõuna-Aafrikast 24^th november 2021. Esimene teadaolev kinnitatud B.1.1.529 nakkus pärines proovist, mis koguti 9.^th november 2021¹. Teine allikas² näitab, et see variant tuvastati esmakordselt proovides, mis koguti 11^th novembril 2021 Botswanas ja 14^th novembril 2021 Lõuna-Aafrikas. Sellest ajast alates on COVID-19 juhtumite arv järsult kasvanud peaaegu kõigis Lõuna-Aafrika provintsides. Nagu 27^th Novembris 2021 on selle variandi uutest juhtudest teatatud ka Belgias, Hongkongis, Iisraelis ja Ühendkuningriigis³, Saksamaa, Itaalia ja Tšehhi Vabariik, mis kõik on päritolult seotud reisimisega.  

Täname Lõuna-Aafrika ametivõime, et nad ei võtnud aega ülemaailmse teadusringkonnaga suhtlemiseks ja asjakohase teabe jagamiseks, et WHO ekspertrühm saaks kohtuda 26.^th novembril 2021 ja määrake see variant kiiresti probleemseks variandiks (VOC). Asja tõsidust saab hinnata sellest, et B.1.1.529 määrati seire all olevaks variandiks (VUM) alles kaks päeva tagasi, 24.^th novembril 2021, enne kui määrati LOÜ-ks 26^th november 2021, ilma et oleksite esmalt uuritava variandina (VOI) määratud.  

Tabel: SARS-CoV-2 probleemsed variandid (VOC) 26. novembri 2021 seisuga 

B.1.1.529 probleemseks variandiks (VOC) määramise kiireloomulisus oli õigustatud, kuna leiti, et see variant on seni SARS-CoV-2 kõige lahknevam variant. Võrreldes SARS-CoV-2 viirusega, mis avastati algselt Hiinas Wuhanis, on sellel 30 aminohappemuutust, 3 väikest deletsiooni ja 1 väike sisestus spike-valgus. Nendest muutustest 15 paiknevad retseptori sidumisdomeenis (RBD), viiruse selles osas, mis võimaldab sellel siseneda inimese rakkudesse, põhjustades infektsiooni. Sellel variandil on ka mitmeid muudatusi ja deletsioone teistes genoomsetes piirkondades². Mutatsioonid on nii ulatuslikud, et seda võiks nimetada variandi asemel uueks tüveks. Uskumatult suur spike-mutatsioonide hulk tähendab suuremat võimalust teadaolevatest antikehadest põgeneda, mis muudab selle variandi tõsiseks murekohaks⁵.  

Uutele variantidele üleminek on koroonaviiruste puhul tavaline. Koronaviirused on alati olnud loomulikud, et nende polümeraaside nukleaasi aktiivsuse korrektuuri puudumise tõttu toimub nende genoomide mutatsioon äärmiselt suure kiirusega; Mida rohkem edastatakse, seda rohkem replikatsioonivigu ja seega rohkem mutatsioone koguneb genoomis, mis toob kaasa uusi variante. Inimese koronaviirused on lähiajaloos loonud mutatsioone, et luua uusi variante. Alates 1966. aastast, mil salvestati esimene episood, oli epideemiate põhjustajaks mitu varianti⁶. Aga miks nii ulatuslik mutatsioon ühes purskas? Võib juhtuda, kuna B.1.1.529 variant arenes välja immuunpuudulikkusega inimese, võib-olla ravimata HIV/AIDS-i patsiendi kroonilise infektsiooni ajal.⁷.  

Ükskõik, mis võib olla ulatuslike mutatsioonide põhjus, kui selle kiire leviku kiirus Lõuna-Aafrikas viitab, võib selle variandi areng avaldada tohutut mõju praegu kasutatavate vaktsiinide immuunsusele, edasikanduvusele ja virulentsusele ning tõhususele.  

Kas olemasolevad vaktsiinid jäävad selle uue variandi vastu tõhusaks või tekib rohkem vaktsiini läbimurdeinfektsioone, on praegu vähe andmeid, et teha järeldusi. Kuid hiljutises uuringus näitas sünteetiline variant, millel oli 20 mutatsiooniga spike-valgus, peaaegu täielikku vabanemist antikehadest.⁷. See näitab, et uuel variandil B.1.1.529, millel on palju rohkem mutatsioone, võib olla märgatavalt vähenenud neutraliseerimine antikehade poolt. Uus variant näib siiski olevat ülekantavam, arvestades kiiret kiirust, millega see Lõuna-Aafrikas Delta variandi välja vahetas, kuigi praegused andmed ei ole usaldusväärse hinnangu tegemiseks piisavalt piisavad. Samamoodi ei ole selles etapis võimalik kommenteerida sümptomite tõsidust.  

Pidades silmas tõsiasja, et Euroopas on juba viimastel nädalatel olnud ebatavaliselt suur COVID 19 juhtude arv (kõrgelt ülekantava deltavariandi tõttu) ja Mikron Variant (B.1.1.529) on Lõuna-Aafrikas levinud hiljuti, asendades delta variandi, mitmed Euroopa riigid, sealhulgas Ühendkuningriik, Saksamaa ja Itaalia, on kehtestanud reisipiirangud saabujatele Lõuna-Aafrikast ja naaberriikidest nagu Botswana, Malawi, Mosambiik, Sambia ja Angola. Halvimat kartes keelab Iisrael kõikidest riikidest pärit külastajate sisenemise.  

Maailm on nii palju investeerinud COVID-19 vaktsiinide väljatöötamisse ja manustamiseks, et kaitsta inimesi pandeemia eest. Küsimus, mis on nii teadlaste kui ka ametiasutuste peas, on see, kas peamised COVID-19 vaktsiinid, nagu Pfizer–BioNTech, Oxford–AstraZeneca, Moderna, Johnson & Johnson, jäävad tõhusaks ka Omicroni (B.1.1.529) variandi vastu. . Seda soodustab asjaolu, et Lõuna-Aafrikas on teatatud läbimurdelistest nakkustest. Ka kaks Hongkongi juhtumit olid saanud vaktsiinidoosi⁹. 

Pankoronaviiruse vaktsiinide väljatöötamine¹⁰ (multivalentsed vaktsiiniplatvormid¹¹) tunduvad olevat tunni vajadus. Kuid kiiremini võib olla võimalik kiiresti valmistada mutatsioone katvate mRNA ja DNA vaktsiinide kordusannuseid. Lisaks hiljuti heaks kiidetud viirusevastased ained (Mercki Molnupiravir ja Pfizeri Paxlovid) peaksid olema kasulikud inimeste kaitsmisel haiglaravi ja surmade eest.   

 *** 

viited:  

1. WHO 2021. Uudised – Omicroni klassifikatsioon (B.1.1.529): SARS-CoV-2 murevariant. Avaldatud 26. novembril 2021. Veebis saadaval aadressil https://www.who.int/news/item/26-11-2021-classification-of-omicron-(b.1.1.529)-sars-cov-2-variant-of-concern  

2. Euroopa Haiguste Ennetamise ja Tõrje Keskus. SARSCoV-2 tekke ja leviku tagajärjed B.1.1. 529 probleemne variant (Omicron), EL/EMP jaoks. 26. november 2021. ECDC: Stockholm; 2021. Internetis saadaval aadressil https://www.ecdc.europa.eu/en/publications-data/threat-assessment-brief-emergence-sars-cov-2-variant-b.1.1.529  

3. Ühendkuningriigi valitsus 2021. Pressiteade – Ühendkuningriigis tuvastati esimesed Omicroni variandi juhtumid. Avaldatud 27. novembril 2021. Saadaval aadressil https://www.gov.uk/government/news/first-uk-cases-of-omicron-variant-identified   

4. WHO, 2021. SARS-CoV-2 variantide jälgimine. Internetis saadaval aadressil https://www.who.int/en/activities/tracking-SARS-CoV-2-variants/ 

5. GitHub, 2021. Thomas Peacock: Lõuna-Aafrikaga seotud B.1.1 järeltulija, kellel on palju Spike'i mutatsioone #343. Internetis saadaval aadressil https://github.com/cov-lineages/pango-designation/issues/343 

6. Prasad U.2021. Koroonaviiruse variandid: mida me seni teame. Teaduslik eurooplane. Postitatud 12. juulil 2021. Veebis saadaval aadressil http://scientificeuropean.co.uk/covid-19/variants-of-coronavirus-what-we-know-so-far/ 

7. GAVI 2021. Vaktsiinitöö – mida me teame uuest B.1.1.529 koroonaviiruse variandist ja kas peaksime muretsema? Saadaval aadressil https://www.gavi.org/vaccineswork/what-we-know-about-new-b11529-coronavirus-variant-so-far 

8. Schmidt, F., Weisblum, Y., Rutkowska, M. et al. Kõrge geneetiline barjäär SARS-CoV-2 polüklonaalsete neutraliseerivate antikehade põgenemisel. Loodus (2021). https://doi.org/10.1038/s41586-021-04005-0 

9. Tugevalt muteerunud koroonaviiruse variant paneb teadlased valvsaks. Loodus Noi. Värskendatud 27. novembril 2021. DOI: https://doi.org/10.1038/d41586-021-03552-w  

10. Soni R. 2021. Pankoronaviiruse vaktsiinid: RNA polümeraas tõuseb vaktsiini sihtmärgina. Teaduslik eurooplane. Avaldatud 16. november 2021. Saadaval aadressil http://scientificeuropean.co.uk/covid-19/pan-coronavirus-vaccines-rna-polymerase-emerges-as-a-vaccine-target/  

11. NIH 2021. Pressiteade – NIAID annab pankoronaviiruse vaktsiinide rahastamiseks välja uusi auhindu. Postitatud 28. septembril 2021. Saadaval aadressil https://www.nih.gov/news-events/news-releases/niaid-issues-new-awards-fund-pan-coronavirus-vaccines  

***