Rahvusvaheliste eksperdikogude nõuannete kohaselt vaadatakse üle ja hinnatakse praegu praktikas COVID-19 diagnoosimiseks kasutatavaid laboratoorseid analüüse.
COVID-19 haigus, mis pärineb Hiinast Wuhanist, on praeguseks mõjutanud enam kui 208 riiki. Viimastel kuudel on kogu maailma teadusringkondadele seatud suur väljakutse areneda diagnostilised testid eest Covid-19 haiguste tuvastamine, et sõeluda patsiente ja kahtlustatavaid isikuid, et pandeemiat tõhusalt hallata ja kontrollida.
Enne kui hindame praeguseid COVID-19 tuvastamiseks kasutatavaid meetodeid ja tavasid, mõistkem esmalt, mis põhjustab COVID-19 ja kuidas töötatakse välja diagnostilised testid patsientide sõelumiseks selle haiguse suhtes. COVID-19 haigust põhjustab positiivse ahelaga RNA viirus mis on zoonootilised, mis tähendab, et nad võivad ületada liigitõkkeid loomadelt inimestele ja põhjustada inimestel haigusi, mis ulatuvad külmetushaigusest kuni raskemate haigusteni, nagu MERS ja SARS. Rahvusvaheline Viiruste Taksonoomia Komitee (ICTV) on COVID-19 põhjustanud viiruse nüüd nimetanud SARS-CoV-2, kuna see on väga sarnane SARS-i puhangu (SARS-CoV) põhjustanud viirusega. COVID-19 diagnostilist testi saab välja töötada mitmel viisil.
Kõige populaarsem ja praegu maailmas kasutusele võetud meetod on diagnostilise testi väljatöötamine, mis suudab tuvastada SARS-CoV-2 viirust ennast. See test põhineb viiruse genoomi tuvastamisel patsiendi proovis RT-reaalajas PCR-ga (pöördtranskriptaasi reaalajas polümeraasi ahelreaktsioon). See hõlmab viiruse RNA muundamist DNA-ks, kasutades ensüümi, mida nimetatakse pöördtranskriptaasiks, ja seejärel DNA amplifitseerimist, kasutades spetsiifilist praimerite komplekti ja fluorestsentssondi, mis seonduvad viiruse DNA spetsiifilise piirkonnaga, kasutades Taq polümeraasi ja tuvastades fluorestsentssignaali. Neid teste nimetatakse NAAT-deks (Nucleic Acid Amplification Tests). See meetod võib olla väga kasulik nukleiinhappe esinemise väga varaseks tuvastamiseks patsiendi proovis, isegi asümptomaatilisel patsiendil, kellel ei esine COVID-19 haiguse sümptomeid (eriti inkubatsiooniperioodil 14-28 päeva) ja hilisemas osas. samuti kui haigus on täies mahus.
Mitmed ettevõtted üle maailma on viimastel kuudel võistelnud ajaga, et töötada välja SARS-CoV-2 avastamiseks NAAT-põhine diagnostiline test, mis põhineb CDC (haiguste tõrje keskus), Atlanta, USA ja WHO juhistel. 1, 2). Tervishoiuasutused üle maailma on need testid SARS-CoV-2 tuvastamiseks hädaolukorras kasutamiseks heaks kiitnud. Siiani sihitud viirusgeenid hõlmavad N, E, S ja RdRP geene koos sobivate positiivsete ja negatiivsete kontrollidega. Selliseks analüüsiks võetavad patsiendi proovid on ülemistest hingamisteedest (nasofarüngeaalne ja orofarüngeaalne tampoon) ja/või alumistest hingamisteedest (röga ja/või endotrahheaalne aspiraat või bronhoalveolaarne loputus). Siiski on viirust võimalik tuvastada ka teistes proovides, sealhulgas väljaheites ja veres. Proove tuleb koguda kiiresti sobival viisil, võttes kõiki vajalikke ettevaatusabinõusid ja järgides bioohutuse tavasid (vastavalt WHO kehtestatud juhistele[1]), patsientidelt, kes vastavad COVID-19 kahtlustatava haigusjuhu määratlusele, säilitades ja pakkides. hästi, kui see tuleb kiiresti diagnostikakeskusesse transportida ja seejärel töödelda (RNA ekstraheerimine BSL-2 või samaväärse rajatise bioohutuskapis) proovi terviklikkuse tagamiseks. Kõik see peab toimuma esmajärjekorras, et tagada parem kliiniline juhtimine ja haiguspuhangud.
Erinevate saadaolevate NAAT-põhiste testide tuvastamise aeg, mille on välja töötanud suuremad diagnostikaettevõtted üle maailma, varieerub 45 minutist 3.5 tunnini. Nendes testides tehakse mitmesuguseid täiustusi, et muuta need hoolduspunktideks ja saavutada soovitud tulemused võimalikult lühema ajaga, ilma et see kahjustaks tulemuste täpsust, et suurendada päevas tehtavate testide arvu.
Muud diagnostilise testi võimalused on kiirdiagnostika testid (RDT) mis tuvastavad viiruse antigeene/valke, mis ekspresseeritakse SARS-CoV-2 viiruseosakeste pinnal, kui nad paljunevad peremeesrakkudes ja põhjustavad haigust või vastusena infektsioonile peremeesorganismi antikehi; see test tuvastab antikehade olemasolu nende inimeste veres, kes arvatavasti on nakatunud COVID-19-sse (3).
RDT täpsus ja reprodutseeritavus viirusantigeenide tuvastamiseks sõltub mitmest tegurist, sealhulgas ajast haiguse algusest, viiruse kontsentratsioonist proovis, proovi kvaliteedist ja töötlemisest ning testikomplektides sisalduvate reaktiivide koostisest. Nende muutujate tõttu võib nende testide tundlikkus varieeruda vahemikus 34% kuni 80%. Selle valiku peamiseks puuduseks on see, et viirus peab olema oma replikatsiooni- ja nakkusfaasis, et tuvastada viirusvalke.
Samamoodi põhinevad peremeesantikehade tuvastamise testid antikeha vastuse tugevusele, mis sõltub sellistest teguritest nagu vanus, toitumisalane seisund, haiguse tõsidus ja teatud ravimid või infektsioonid, mis pärsivad immuunsüsteemi. Selle valiku suureks puuduseks on see, et antikehi toodetakse päevade või nädalate jooksul pärast SARS-CoV-2 viirusega nakatumist ja nii kaua tuleb testi sooritamist oodata. See tähendab, et COVID-19 nakkuse diagnoosimine peremeesantikehade vastuse põhjal on sageli võimalik alles taastumisfaasis, kui paljud kliinilise sekkumise või haiguse edasikandumise ennetamise võimalused on juba möödas.
Praegu on ülalmainitud RDT-d andmete puudumise tõttu heaks kiidetud ainult uurimistöös, mitte kliiniliseks diagnoosimiseks (3, 4). Kuna COVID-19 kohta muutub kättesaadavaks üha rohkem epidemioloogilisi andmeid, töötatakse välja ja kiidetakse kliinilises keskkonnas välja rohkem RDT-sid, kuna need võivad anda tulemusi 10–30 minutiga, mitte NAAT-põhised testid, mis võtavad keskmiselt aega. paar tundi haiguse avastamiseks.
***
viited:
1. WHO, 2020. Laboratoorsed testimisstrateegia soovitused COVID-19 jaoks. Vahepealsed juhised. 21. märts 2020. Internetis saadaval aadressil https://apps.who.int/iris/bitstream/handle/10665/331509/WHO-COVID-19-lab_testing-2020.1-eng.pdf Juurdepääs 09. aprillil 2020
2. CDC 2020. Teave laboritele. Ajutised juhendid laboritele on saadaval veebis aadressil https://www.cdc.gov/coronavirus/2019-nCoV/lab/index.html Sissepääs 09. aprillil 2020.
3. WHO, 2020. Nõuanded Point of Care Testide kasutamise kohta. Teaduslik ülevaade. 08. aprill 2020. Internetis saadaval aadressil https://www.who.int/news-room/commentaries/detail/advice-on-the-use-of-point-of-care-immunodiagnostic-tests-for-covid-19 Sissepääs 09. aprillil 2020.
4. ECDC, 2020. Ülevaade COVID-19 diagnoosimise kiirtestiolukorrast EL-is/EMP-s. 01. aprill 2020. Euroopa Haiguste Ennetamise ja Tõrje Keskus. Internetis saadaval aadressil https://www.ecdc.europa.eu/en/publications-data/overview-rapid-test-situation-covid-19-diagnosis-eueea Juurdepääs 09. aprillil 2020
***
